はい、記録される場合があります。

Windowsアップデートの際にOS内部で「ログオン」や「ログオフ」などの処理が行われた場合、セキュアログインでもそのイベントが記録され、打刻として反映されます。

もし上記理由で意図しない打刻が記録された場合、オフィスステーション 勤怠の打刻申請機能などで修正してください。