変形労働制やフレックスタイム制の従業員の労働時間がすべて残業となってしまう場合、その年度の「月別基準時間」や「週別基準時間」が設定されていない可能性があります。
確認方法と対処方法をご説明します。

確認方法

ホーム画面「設定」内［従業員］＞［雇用区分設定］をクリックします。

対象雇用区分の［編集］をクリックします。

「働き方」カテゴリ内の「労働時間」を確認します。
「変形労働時間制」かつ「手動設定（フレックスその他）」が選択されている場合は、［変形労働設定］をクリックします。
※上記以外の項目が選択されている場合は、本記事の条件に該当しませんので、これ以降を読み進める必要はありません。

 「変形労働設定」画面の「月単位」カテゴリ、または「週単位」カテゴリで、以下のように設定されている場合、労働時間がすべて残業として計上されてしまいます。

• 「月単位」カテゴリ

①変形労働タイプ　：　変動またはフレックス
②基準時間　　　　：　0時間0分
③月別基準時間　　：　未設定

• 「週単位」カテゴリ

①変形労働タイプ　：　変動
②基準時間　　　　：　0時間0分
③週別基準時間　　：　未設定

対処方法

「変形労働設定」画面にて、［月別基準時間設定］または［週別基準時間設定］を登録します。

対象年度を選択して［表示］をクリック(①)し、「変形労働の基準時間」を入力(②)します。
入力が完了したら、［登録］をクリック(③)します。

［月別基準時間設定］または［週別基準時間設定］の登録が完了したら、「勤怠データ再計算」を実施します。
「勤怠データ再計算」の操作方法については、下記関連記事をご確認ください。

補足

該当の雇用区分に対して、変形労働制やフレックスタイム制の集計が不要の場合、以下の項目にて設定を解除してください。

ホーム画面「設定」内［従業員］＞［雇用区分設定］＞対象雇用区分の［編集］＞「働き方」カテゴリ内の
「労働時間」に「通常の労働時間制」を設定