勤怠
1799｜【勤怠】3ヶ月単位のフレックスタイム制の注意点
本マニュアルでは設定時の注意点をご説明します。
3ヶ月単位のフレックスタイム制の設定方法は、こちらをご参照ください。
目次
3ヶ月単位のフレックスタイム制の注意点
時間外労働時間の考え方
1ヶ月単位のフレックスタイム制の場合、その月の法定労働時間の総枠を超えて労働した時間が時間外労働としてカウントされますが、清算期間が1ヶ月を超える場合には、以下の労働時間が時間外労働としてカウントされます。
1．1ヶ月ごとに、週平均50時間を超えた労働時間
2．清算期間を通じて、法定労働時間の総枠を超えて労働した時間
※1.でカウントした労働時間を除く
引用：フレックスタイム制 のわかりやすい解説＆導入の手引き｜厚生労働省 
清算期間における法定労働時間の総枠の計算式
清算期間における法定労働時間の総枠 ＝ 50時間 ✕ （精算期間の暦日数 ÷ 7日）
ここでは、清算期間の暦日数を用いて算出します。
各月ごとに、週平均50時間となる月間の労働時間数の計算式
週平均50時間となる月間の労働時間数 ＝ 50時間 ✕ （各月の暦日数 ÷ 7日）
ここでは、各月の暦日数を用いて算出します。
各月の終了時点で週平均労働時間が50時間を超えた場合
精算期間を1カ月ごとに区分した各期間において、週平均50時間を超える労働時間があった場合、その月の時間外労働としてのカウントが必要です。「オフィスステーション 勤怠」での設定方法をご説明します。
ホーム画面「設定」内［従業員］＞［雇用区分設定］＞「働き方」カテゴリ ＞［変形労働設定］＞「月単位」カテゴリ ＞［月別基準時間設定］
時間集計結果
各月ごとに、週平均50時間（当月清算する基準時間）、超過した労働時間(基準外労働時間）は、タイムカード画面のフレックスタイム集計より確認することができます。
ホーム画面「よく使うメニュー」内［月別データ］＞ 対象者の［タイムカード］＞「フレックスタイム集計」
清算期間の終了時点で週平均労働時間が40時間を超えた場合
先述のとおり、清算期間における総労働時間が、法定労働時間の総枠を超えてはいけません。清算期間を通じて、法定労働時間の総枠を超えて労働した時間については、清算期間終了後に最終月の時間外労働としてカウントします。ただし、以下の式のとおり、週平均50時間を超えた時間外労働としてカウントした時間は除きます。「オフィスステーション 勤怠」ではこの計算式に沿って最終月の時間集計がなされています。
引用：フレックスタイム制 のわかりやすい解説＆導入の手引き｜厚生労働省
【まとめ】清算期間が1ヶ月を超えるフレックスタイム制における時間外労働の計算手順
引用：フレックスタイム制 のわかりやすい解説＆導入の手引き｜厚生労働省 
清算期間の途中で異動となり、労働期間が清算期間より短くなった場合の運用方法
清算期間の途中で事業場が異動となった場合には、フレックスタイム制適⽤事業場で働いた期間についてはフレックスタイム制による賃⾦計算をおこない、異動後のフレックスタイム制非適⽤事業場で働いた期間については通常の労働時間制度における賃⾦計算をおこなう必要があります。
したがって、３か⽉目の初めから別の事業場に異動した場合には、１か⽉目の賃⾦は所定の賃⾦を⽀払い、２か⽉目の賃⾦については２か⽉間の実際の労働時間に応じて賃⾦計算をすることとなります。なお、その際に、２か⽉間の実際の労働時間が週平均40時間を超えていた場合には、超えた時間について割増賃⾦の⽀払が必要となります。
※ただし、この場合にも、１か⽉目、２か⽉目にそれぞれ週平均50時間を超えて労働した場合には、超えた時間に対
する割増賃⾦を１か⽉目の賃⾦に加算して⽀払う必要があります。
引用：フレックスタイム制 のわかりやすい解説＆導入の手引き｜厚生労働省 
本事例の場合、対象従業員の清算期間を個別に設定することで運用が可能です。
「3カ月フレックス」雇用区分から「通常の労働時間制」の雇用区分へ異動となった場合を例に、設定手順をご案内します。
ポイント
設定変更が必要な箇所
1．清算月数の変更 ： 3カ月→2カ月
2．異動先の雇用区分登録 ： 「通常の労働時間制」
1．「清算月数」の変更をおこないます。
ホーム画面「設定」内［従業員］＞［従業員設定］をクリック、該当者の［編集］をクリックします。
2．雇用情報カテゴリの［詳細］を展開します。［月別基準時間設定］をクリックします。
3．雇用区分設定で月別基準時間を設定している場合は、その値が表示されます。異動月の清算月数を変更し、［登録］します。
補足
※3ヶ月目については、「清算月数1ヶ月」「労働時間の過不足の取り扱い：当月で清算」を設定します。
4．設定後は異動月に対して、勤怠データ再計算を実施します。
ホーム画面「設定」内［その他］＞［勤怠データ再計算］＞ 期間、対象を選択 ＞［再計算する］をクリックします。
補足
清算期間を変更後は月の締め日に関わらず、月をまたがないように必ず時系列順で［勤怠データ再計算］を実施してください。詳細はこちらをご確認ください。
4月→5月の順で［再計算］します。
(1) 4/1～4/30で［再計算］
(2) 5/1～5/31で［再計算］
5．異動先の雇用区分を登録します。
ホーム画面「設定」内［従業員］＞［従業員設定］＞ 該当者の［編集］＞「雇用情報」カテゴリ ＞「雇用区分」＞
［雇用区分変更 / 履歴］をクリックします。
「雇用区分の選択」欄で異動先の「雇用区分」、「異動日」を［登録］して完了です。
※異動登録の設定をおこなう日が登録する異動開始日より後の場合は、異動開始日～異動登録日までの期間で再度
［勤怠データ再計算］が必要です。
⽉60時間を超える時間外労働の計算方法
・清算期間が1か⽉を超える場合には、
(1) 1か⽉ごとに、週平均50時間を超えて労働した時間、
(2) 清算期間を通じて、法定労働時間の総枠を超えて労働した時間（(1)でカウントした時間を除く）のそれぞれに
ついて時間外労働としてカウントされます。
・したがって、(1) (2) で算定した各⽉の時間外労働について、60時間までは25%以上、60時間を超える時間について
は50%以上の割増賃⾦率で計算する必要があります。
引用：フレックスタイム制 のわかりやすい解説＆導入の手引き｜厚生労働省 
「オフィスステーション 勤怠」での設定箇所は以下のとおりです。詳細はこちらをご確認ください。
ホーム画面「設定」内［従業員］＞［雇用区分設定］＞「月の時間外集計」カテゴリ ＞「割増残業：割増し開始時間」
