考えられる３つの原因についてご説明します。
ホーム画面「設定」内の［従業員］＞［雇用区分設定］＞対象区分の［編集］＞「日の時間外集計」項目をご確認ください。

１．残業として計算されている

「日の時間外集計」項目内の「残業開始時間」に登録されている条件を満たしている労働時間は、「残業」として扱われます。

２．所定外労働時間を固定で設定している

「日の時間外集計」項目［詳細］内の「所定外労働開始時間」に、スケジュール時間より多い時間で登録されている場合、「登録した時間を超過」してはじめて所定外が計上されます。 
※この項目は、登録した時間を超過した労働時間を所定外労働時間として集計する項目です。

３．所定外労働時間の取り扱いを設定している

「日の時間外集計」項目［詳細］内の「所定外労働時間割当種別」に、「所定時間にする」または「残業時間にする」が選択されている場合、「所定」や「残業」として扱われます。 
※この項目は、所定外労働時間（スケジュール外の労働時間）が発生した際、どの集計値として扱うかを設定する
　項目です。

各項目の詳細については、下記関連記事をご確認ください。