回答

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管理者が送ったメッセージに対し、従業員からの返信ができないようにするには、メッセージの送信時に設定が必要です。
※「年末調整システム設定」にて、「従業員からのメッセージ」を「許可しない」と設定している場合であっても、
　管理者からメッセージを送信すると従業員から返信できる仕様です。

管理者側でメッセージを送信時に、「受信を不可にする」を「オン」に設定してください。
オンに設定することにより、従業員はメッセージの確認はできますが、返信をすることができなくなります。

（「従業員の申告データの確認」画面 ［メッセージ］クリック時）

（「従業員の申告データの確認」画面 ［一括変更・登録］＞［メッセージ一括送信］クリック時）

 注意点
従業員からメッセージを受信時 「従業員からのメッセージがあります」 と案内を表示しております。
従業員からのメッセージに対し管理者側から返信せずに、本設定をおこなうと、メッセージを確認後
であっても、「従業員からのメッセージがあります」の表示は非表示となりません。
返信をおこなわない場合は、「既読にする」を「オン」に設定してください。

「受信を不可にする」をオンにした場合の従業員側のメッセージ画面は下図のようになります。