回答

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「給与日マスタ」にて、「賞与支払基準日」項目に登録している日付が、土日祝日に該当する場合に、表示される警告内容となります。

土日祝日であっても問題ない場合は、警告内容はそのままで「区分確認と賃金集計」操作を完了してください。
土日祝日なので前営業日に変更する場合は、以下の関連記事から修正をおこなってください。
また、年度更新操作が完了いたしましたら、事前に設定していた日付にお戻しください。