回答

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［住民税(指定番号)］の「特別徴収義務者指定番号一覧」に表示される、各「市区町村名」は削除できません。
［従業員データ］＞［支給控除情報］の以下項目に設定している市区町村が反映されています。

• 住民税カテゴリ「納付先市区町村」
• 給与支払報告書カテゴリ「提出先市区町村」

※過去に納付先や提出先に設定していた市区町村も［住民税(指定番号)］の「特別徴収義務者指定番号一覧」に表示されます。