回答

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従業員ごとに異なる「有休起点日」を設定することが可能です。

「有休起点日」は、従業員に登録している「有休区分」ごとに設定できます。
「有休区分」ごとに異なる「有休起点日」を設定する方法は、下記関連記事内の「２．登録済み有休区分に有休起点日を設定」をご参照ください。