回答

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従業員台帳に、同一と認識される従業員番号*、かつ、同一氏名の従業員情報が重複して登録されていることが原因で表示される警告です。

*：取り込む給与データと従業員台帳の従業員を紐付ける際、従業員番号の頭にある「0」を除いて扱うため、
　　「0001」と「1」は同一の従業員番号と判断します。

 注意点
本回答は、「給与ソフト選択」に「オフィスステーション（Excel）」または「ユーザ定義」を選択した場合を対象としています。
その他のソフトを選択された場合は、それぞれで異なるため、別途マニュアルをご参照ください。

従業員台帳で、重複している従業員情報のうち、退職されている従業員に退職年月日を設定、もしくは、従業員番号の変更をおこなってください。
その後、再度給与データの取込をおこなってください。