就業規則により設定方法は異なりますが、ここでは仮に以下のルールで３ヶ月単位のフレックス制の集計をおこなうときの設定方法をご説明します。

1. 清算期間　　　　　　　　　　：　３ヶ月（各月の期間は1日から末日）

2. 清算期間における所定労働時間：　「日の契約労働時間 ✕ 月の所定日数」の3ヶ月分の合計

3. コアタイム　　　　　　　　　：　10:00～15:00

4. 残業時間　　　　　　　　　　：　日ごとに残業を計上するのではなく、清算期間における
　　　　　　　　　　　　　　　　　法定労働時間の総枠を超えたものを残業とする

5. 割増残業　　　　　　　　　　：　60時間を超過した残業を割増残業とする

6. 有休取得　　　　　　　　　　：　有休取得日は勤務したものとして扱う

 補足
１ヶ月単位のフレックスタイム制については、以下の記事をご参照ください。
・「1ヶ月単位のフレックスタイム」設定方法（推奨設定） 
・「1ヶ月単位のフレックスタイム」設定方法（任意設定） 

 注意点
3ヶ月単位のフレックスタイム制の注意点は、こちら をご参照ください。

１．「オプション」の設定

変形労働機能と割増残業集計機能を利用可能に設定します。 

1．ホーム画面「設定」内［その他］＞［オプション］をクリックします。

2．「勤怠管理設定」カテゴリ内を、以下のように設定し、［登録］をクリックします。

No.	項目名	説明
①	変形労働設定機能	「使用する」を選択します。その下の「労働基準時間の表示」にもチェックが入っていることを確認します。
②	割増残業集計機能	「1段階の割増残業時間を使用する」を選択します。「代替休暇対象」は代替休暇を運用する場合のみ設定してください（詳細はこちら ）。 ※社内のフレックスタイム制以外の社員に対して2段階の割増集計が必要な場合、 　「2段階の割増残業時間を使用する」を選択しても問題ありません。

２．雇用区分設定

ホーム画面「設定」内［従業員］＞［雇用区分設定］をクリックし、対象雇用区分の［編集］をクリックします。
以下の設定をおこない、［登録］をクリックします。

締め日の設定

---

「基本情報」カテゴリ「締め日」を選択します。

労働時間の設定

---

1．「働き方」カテゴリの「労働時間」に「変形労働時間制」(①)を選択、「手動設定（フレックスその他）」(➁)を選択し、［変形労働設定］(③)をクリックします。

2．「共通」カテゴリを以下のように設定します。

No.	項目名	説明
①	利用単位	「月単位」にチェックします。
②	対象項目	フレックスタイム制の対象とする項目を選択します。以下にチェックします。 ・所定 ・所定外 ・深夜所定 ・深夜所定外 ※設定によって「深夜所定」と「深夜所定外」が「深夜」と表示されている場合が 　あります。
③	対象勤務日種別	フレックスタイム制の対象とする勤務日種別を選択します。以下にチェックします。 ・平日 ・法定外休日 ※「休日残業計算機能」が「使用しない」になっている環境ではこの項目が表示 　されません。こちらの記事で仕様をご確認のうえ、サポートデスクへ休日残業 　機能の追加をご依頼ください。
④	休暇みなし勤務時間の所定外・残業計算への算入	設定不要です。 本マニュアル内「休暇関連の設定」で「休暇みなし勤務時間の残業計算への算入」を「含めない」とすることで、本項目は無効化されます。
⑤	残業時間への計上方法	フレックスタイム制の変形労働残業計算方法を選択します（詳細はこちら）。 ・「時系列で計上」 　1日ずつ、残業を除く労働時間を積み上げていきます。 　基準時間を超えた日から残業に計上します。 ・「直近の所定外から計上」 　月単位設定期間内の、日付が新しい所定外から順に残業へ計上します。 　同日に所定外時間・深夜所定外時間がある場合は、時間帯が遅い順となります。
⑥	法定外休日を優先に残業に計上	チェックを入れると、法定外休日から優先的に残業に計上するようになります。 ※対象勤務日種別で「法定休日」にチェックが入っておらず、残業時間への計上 　方法が「直近の所定外から計上」の時に利用可能な項目です。

3．「月単位」カテゴリの「変形労働タイプ」に「フレックス」(①)を選択し、［月別基準時間設定］(➁)をクリックします。
※「所定時間を超過した勤務は所定外としてカウントする」にチェックを入れると、所定時間超過、基準時間未満
　の労働時間は「所定外」として計上されます。

4．月ごとの変形労働の所定労働時間と基準時間、清算月数、労働時間の過不足の取り扱いおよび法定労働時間の総枠を入力し、［登録］をクリックします。

項目名	説明
所定労働時間	「日の契約労働時間✕月の所定日数」を入力します。 この時間を超過した労働は「所定外」として計上されます。 ※本項目は、前画面で「所定時間を超過した勤務は所定外としてカウントする」に 　チェックを入れている場合のみ表示されます。 ※変形労働の基準時間を超える時間は設定できません。
変形労働の基準時間	「その月の歴日数÷7✕40時間」を入力します。 この時間を超過した労働は「残業」として計上されます。 変形労働の基準時間が歴日数で固定となる場合、画面上部［前年度の基準時間をコピー］をクリックすると、前年度の月別基準時間設定をそのままコピーできます。
清算月数	残業清算する期間を選択します。「3ヶ月」を選択します。
当月清算する基準時間	初期状態では、週平均50時間超となる時間（その月の歴日数÷7✕50時間）が表示されています。この時間を超過した労働は繰り越されず、当月精算となります。
法定労働時間の総枠	設定不要です。

深夜労働の設定

---

本マニュアル内「４．スケジュールパターン設定」登録する出勤予定時間～退勤予定時間以外での深夜勤務は「深夜所定外時間」に計上されます。
これを「深夜所定」に計上したい場合は、「深夜労働」カテゴリの［詳細］(①)をクリックし、「深夜所定外労働時間割当種別」(②)に「深夜所定時間にする」を選択します。

日の時間外集計の設定

---

1．「日の時間外集計」カテゴリ の「残業開始時間」にて以下のチェックを外し、未設定の状態にします。
※日ごとの残業時間は集計されなくなります。 

2．本マニュアル内「４．スケジュールパターン設定」で登録する出勤予定時間 ～ 退勤予定時間以外での勤務時間は「所定外時間」に計上されます。これを「所定時間」に計上したい場合は、「日の時間外集計」カテゴリの［詳細］(①)をクリックし、「所定外労働時間割当種別」に「所定時間にする」(➁)を選択します。

割増残業の設定

---

「月の時間外集計」カテゴリの割増残業「割増し開始時間」を設定します。

 補足
本マニュアル内「１．「オプション」設定」時に、「割増残業集計機能」にて「2段階の割増残業時間を使用する」を選択した場合、雇用区分設定内「割増残業」に「割増残業2」という入力欄が表示されます。
この場合は「割増残業2」を設定せず、「割増残業」だけを設定してください。

出勤予定前・退勤予定後の労働時間の取り扱い

---

「スケジュール」カテゴリの「出勤予定前の労働時間の取り扱い[早出]」、「退勤予定後の労働時間の取り扱い[残業]」にて、両方とも「勤怠時間として扱う」を選択します。

休暇関連の設定

---

1．「休暇関連」カテゴリの［詳細］(①)をクリックし、「半日休暇・時間休暇取得時の所定時間への加算」にて「有休」(②)にチェックします。

2．同じく「休暇関連」カテゴリの［詳細］内、「休暇みなし勤務時間の所定外・残業計算への算入」にて「含めない」を選択します。

３．休暇区分設定

1．ホーム画面「設定」内［スケジュール］＞［休暇区分設定］をクリックし、「有休」の［編集］ をクリックします。

2．以下のように設定し、［登録］をクリックします。

項目名	説明
休暇区分のみのスケジュール申請	「休暇区分のみ入力で申請可能」を選択します。
休暇みなし勤務時間の計算	「計算を行う」を選択します。

４．スケジュールパターン設定

ホーム画面「設定」内［スケジュール］＞［パターン設定］をクリックし、［新規登録］または該当パターンの ［編集］をクリックします。パターン登録画面で以下のように設定して登録します。

コアタイム / 休憩予定の設定

---

1．以下のように入力します。

No.	項目名	説明
①	パターンコード	任意のコードを入力します（「1001」など）。
②	パターン名	任意の名称を入力します（フレックス など）。
③	スケジュール種別	「通常勤務」を選択します。 ※この項目はパターンの新規登録時しか選択できません。
④	出勤予定（コアタイム開始時刻）	コアタイムの開始時刻を入力します（当日10時00分など）。 この時刻が遅刻の算出基準となります。
⑤	退勤予定（コアタイム終了時刻）	コアタイムの終了時刻を入力します（当日15時00分）。この時刻が早退の算出基準となります。
⑥	休憩設定	休憩取得時刻が決まっている場合は入力します。 ※打刻休憩や雇用区分休憩によって、休憩を取得することも可能です。 　休憩取得方法の詳細は こちら の記事をご参照ください。

2．「半日勤務」カテゴリ内「午前出勤パターン登録」および「午後出勤パターン登録」の［設定］(①)をクリックします。
午前・午後半休取得時の「出勤予定（コアタイム開始時刻）」と「退勤予定（コアタイム終了時刻）」を入力し(②)、［登録］(③)をクリックします。

休暇みなし勤務時間の設定

---

※通常勤務パターン内の項目を設定します。

1．「予定」カテゴリの［詳細］(①)をクリックし、「休暇みなし勤務時間」(②)に「休暇みなし勤務時間を計上する」を選択します。「休暇みなし勤務開始時間」「休暇みなし勤務終了時間」(③)を入力します。

 ポイント
上記設定によって、出退勤予定時刻とは別の時間帯を休暇みなし勤務時間として計上できるようになります。フレックス勤務などで、出退勤予定時刻（コアタイム）が休暇みなし勤務時間と一致しない場合はこのように設定します。

2．「半日勤務」カテゴリ内「午前出勤パターン登録」および「午後出勤パターン登録」の［設定］をクリックします。
午前・午後半休取得時の休暇みなし勤務時間を上記と同様に設定し、［登録］をクリックします。

５．パターンの割り当て

曜日によってスケジュールが決まっている場合は、こちら の記事を参考に「自動スケジュール設定」を設定してください。

シフト制など、スケジュールや定休日が決まっていない場合は、こちら の記事を参考に手動で割り当ててください。

【補足１】タイムカード「フレックス集計項目」の確認方法

タイムカード「フレックス集計項目」の確認方法については、こちら の記事をご参照ください。

【補足２】清算期間中に設定変更や勤怠データ修正をおこなった場合

清算期間中に雇用区分の設定変更や勤怠データ修正をおこなった場合は、月の締め日に関わらず、月をまたがないように時系列順で勤怠データ再計算 してください。

例）

月の締め日　：　20日
４月～６月のフレックスタイム制を設定していて、５月20日の勤務データを修正した。

→　「３月21日 ～ ３月31日」、「４月1日 ～ ４月30日」、「５月1日 ～ ５月31日」、「６月1日 ～ ６月20日」
　　の順番で、月を跨がないように時系列順で勤怠データ再計算をします。

【補足３】清算期間中に退職した場合

退職した月を最終月として清算するよう、月別基準時間の調整が必要です。

1．ホーム画面「設定」内［従業員］＞［従業員設定］＞ 対象従業員の［編集］をクリックします。

2．「雇用情報」カテゴリの［詳細］をクリックし、［月別基準時間設定］を個別登録します。