回答

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従業員情報の「本人情報」カテゴリ内「入社年月日」項目が未設定の場合に本警告が発生します。
「退職年月日」項目を設定している場合、対になる「入社年月日」項目は必ず設定してください。
※警告のため問題がなければ、「区分確認と賃金集計の完了」することは可能です。

年度更新に関わる従業員情報の更新については、以下の関連記事をご参照ください。

【警告内容】
退社日に対応する入社日が設定されていません。台帳管理 (従業員)画面より設定して下さい。