回答

「報酬支払基礎日数」の反映には、従業員台帳の「社員区分」設定は関係ございません。
給与データに「基本給」の項目が、月給・日給・時給の3種類あり、 「基本給」 を登録している項目により反映方法が異なります。

• 基本給（月給）：算定基礎届手続き画面にて、「暦日」情報を反映するのか、
  　　　　　　　　「所定労働日数から欠勤日数を差し引く」情報を反映するのか選択できます。
  ※「欠勤日数」は、給与データの「欠勤日数」を利用します。
  ※４~６月給与に対する労働期間内に、【育児・産前産後・介護・その他】休業期間が重なる場合には、
  　給与データの「出勤日数」「休日出勤日数」「有休日数」「特別休暇日数」を集計した日数を反映します。

• 基本給（日給）：給与データの
  　　　　　　　　「出勤日数」「休日出勤日数」「有休日数」「特別休暇日数」を集計した日数を反映します。
  
• 基本給（時給）：給与データの
  　　　　　　　　「出勤日数」「休日出勤日数」「有休日数」「特別休暇日数」を集計した日数を反映します。