回答

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給与計算をおこなう月に対し、住民税の情報が登録されていないことが原因として考えられます。

例）2022年6月以降の住民税は登録済み、 2022年5月以前の住民税が未登録の場合、
　　2022年5月以前の給与計算時に住民税の情報は反映されません。

給与計算メニュー［従業員データ］＞［支給控除情報］タブの「住民税」をご確認ください。

住民税の登録方法については、下記関連記事をご確認ください。